農業文化遺產是一類典型的社會—經濟—自然復合生態系統，除了具有提供特色優質農產品、傳承農耕文化外，還在維持生態平衡、改善生態環境、保護生物多樣性、傳承生態文化等方面具有重要功能和價值。同時，農業文化遺產所包含的農業生物多樣性、農業生態結構與景觀、傳統農業技術和生態文化相互依存，只有通過活態利用，才能確保其重要的功能與價值不會消失。

一是農業生物多樣性及其保護。農業文化遺產地大多處於重要生態功能區，有些甚至就位於國家公園或其他自然保護地中，農牧民不僅採取環境友好的生態農業技術以保護生物多樣性和生態環境，而且有意識保留了品種多樣性以保持對病蟲害的抗性和對氣候變化的適應。例如，在河北涉縣旱作石堰梯田系統的核心保護區王金莊村，初次調查仍在種植的作物有26科57屬77種180多個品種，既有本土性豆類、谷子、玉米等糧食作物，也有多樣的蔬菜及幹鮮果品，以及人們日常使用的藥用植物等。農業生物多樣性保護最有效的方法，是利用傳統品種資源的獨特優勢和良好的生態地理條件發展“農遺良品”，從而實現其資源化利用和產業化發展。

二是農業生態系統結構與景觀及其保護。農業文化遺產是當地居民與獨特的生態地理條件協同進化、不斷演進形成的獨特的土地利用系統和農業景觀，通過生態關系調整、系統結構優化以充分發揮其服務功能，爲當地及下遊地區的生態安全提供保障，並形成了優美的農業景觀。例如，雲南紅河哈尼稻作梯田系統就是由森林、村寨、梯田、水系耦合形成的復合系統，不僅是山地生態農業和文化景觀的典型代表，而且成爲“綠水青山就是金山銀山實踐創新基地”。農業生態系統結構與景觀保護，一方面要重視不同品種和數量的組分結構、在空間配置上鑲嵌性的水平結構和成層性的垂直結構，以確保農業生態系統結構的有序、過程的健康和功能的發揮；另一方面是充分發揮景觀以及環境和文化優勢，拓展農業功能，大力發展休闲農業和鄉村旅遊。

三是生態農業技術及其保護。農業文化遺產地堪稱生態農業的技術寶庫，例如農田水平上的間作套種、輪作復種，山地梯田農作、立體農業，低窪地區的桑基魚塘、堆垛成田，多種業態的稻魚共生、農牧結合、農林復合、林菇共育、林藥共生，以及草原地區的遊牧、河流湖泊中的立體養殖等。浙江青田稻魚共生系統之所以被聯合國糧農組織列爲首批全球重要農業文化遺產項目，一個重要因素就是這一傳統生態農業模式所體現的可持續發展價值。生態農業技術保護，一方面需要重視種養殖品種與林灌草、植物與微生物和動物之間的相互作用，構建豐富而穩定的食物網關系；另一方面需要與現代農業生產和管理技術以及生物技術、信息技術相結合，發展現代智慧生態農業，促進農業綠色發展。

四是生態文化及其保護。農業文化遺產蕴含着樸素的“天人合一”的生態觀及其指導下崇尚自然、綠色循環、杜絕浪費、鄰裏守望等理念，這些理念以鄉規民約、祭祀崇拜、風俗節慶，以及歌舞、傳說、建築、飲食與服飾等形式不斷傳承，成爲生態文化的生動體現。生態文化保護，需要深入挖掘其生態內涵和現代價值，並根據時代發展要求不斷創新，實現其創造性轉化和創新性發展，促進和美鄉村建設。

就目前科學研究和保護實踐看，農業文化遺產的生態功能評估、生態價值挖掘、生態系統保護和生態保護補償還需要給予足夠重視。可以說，農業文化遺產的生態保護不僅僅是關於自然的保護，更重要的是爲農業的可持續發展和鄉村的全面振興提供生態基礎。

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